保护区成立于1999年10月，2003年6月晋升为国家级自然保护区，为公益一类正处级事业单位，内设办公室、资源环境科、技术研究科、科普宣教科。

保护区位于珠江口海域内伶仃岛至牛头岛之间，总面积460平方公里。管护基地位于珠海市淇澳岛，集管理、救护、科研、宣传、教学实习基地等多功能于一体，占地面积8600平方米。

基地科普宣教园区主题分别为：中华白海豚自然教育径、贝壳形休憩宣教廊架、中华白海豚主题形象雕塑以及专业的中华白海豚科普馆，是具有广东特色的中华白海豚科普宣教示范园。救护中心具备完善的拯救和养护功能，是全国少有的中华白海豚救护暂养基地之一。

专业的中华白海豚科普馆面积约1710平方米，标本展览室的展示品包括： 中华白海豚、江豚和小须鲸（5.4米）、海龟、贝类、珊瑚等标本，骨骼、剥制和浸泡整体标本等，是了解鲸豚动物，提高海洋保护意识的最佳场所之一。

保护区2019年获得共青团中央颁发的全国“青年文明号”和自然资源部授予的全国十大“海洋人物”荣誉称号；基地被相关部门确定为“全国海洋科普教育基地”“广东省环境教育基地”“广东省科普教育基地”。

珠江河口是全世界现存最大的中华白海豚栖息地，栖息活动着种群数量最大的中华白海豚群体，中华白海豚是海洋生态系统的“指示物种”，作为粤港澳三地共同保护的“旗舰物种”，中华白海豚处于河口生态系统食物链金字塔顶端，其种群状况反映了河口食物链、生态系统的健康状况。

中华白海豚是国家一级保护动物，香港回归的吉祥物，俗称白忌、白牛、白海豚，被粤、闽、港、台、澳等地渔民誉称为“妈祖鱼”“海上大熊猫”。珠江口中华白海豚种群世代比较完整，拥有婴年期、幼年期、少年期、壮年期和老年期全部6个世代，体色因年龄的不同而变化较大，幼体灰色，成体全身白色，头部、体侧、鳍肢及尾鳍散布灰色斑点。通常在剧烈运动后因皮下血管充血呈现出粉色。

中华白海豚是一种高智商水生哺乳动物，独特的回声定位功能是靠头部的隆起完成的。与陆生动物一样海豚使用肺进行呼吸，呼吸孔位于头部顶端。交配期多集中在4－9月份，具有一定的繁殖规模，它们的寿命一般在30－40岁之间。

最新调查显示，珠江口中华白海豚数量约2500头，保护区内有1000头左右，此外，还有鱼类154种、浮游植物44种、浮游动物61种、底栖生物58种以及国家二级保护动物江豚。