深圳市仙湖植物园自然教育基地位于仙湖植物园内，园内建有22个植物专类园以及6个主题科普展馆，展览馆面积累计约2000平方米，展示各类生物主题的科学知识和多样性，以及标本、化石等实物或模型。仙湖植物园依托资源收集特色及景观与设施提升计划，不断丰富用于自然教育的设施，使用活泼生动的手工绘画插图，设计了一套翻页式的植物科学介绍牌。现在共有55座121个面板分布在荫生植物园、蝶谷幽兰、竹园、幽溪等14个专类园区，涵盖了植物的科学结构知识、植物文化、植物功能、仙湖风景等方面内容。仙湖植物园科普场馆内拥有16500件展评，650件展板，10件电子影像等展教设施，充分发挥了植物学方面的自然教育功能。

      自2014年，仙湖植物园针对儿童、青少年，精心设立了特色化自然教育课程。每年开展“阴生植物探索之旅”、“蝴蝶调查学习活动”、“跟恐龙一起认识苏铁”、“兰花的生存智慧”等实践教育课程。深圳市仙湖植物园自然教育队伍有31人，其中专职人员10人、兼职人员21人，并建设了86人科普志愿者团队，自然教育人员主要围绕植物园生物多样性开展科学讲座、科技实践，科学探究主题设计策划与指导实践工作。